Gerade die christliche und moslemische Religion tragen etwas absolutistisches in sich. Das ist im Christentum gleich das 1. Gebot: "Ich bin der Herr dein Gott, du sollst keine anderen Götter haben neben mir".
Daher wurden immer Kriege im Namen Gottes bzw. Allah geführt.
Schon am Ende des Römischen Reichs gab es erste Verfolgungen gegen Andersgläubige. Die Zeit religiöser Toleranz, wie es zuvor gerade das Römische Reich während seiner Blütezeit unter den Augusti Hadrinanus, Antonius Pius und Marcus Aurelius geprägt hatte, waren vorbei.
Auch im Mittelalter gab es schlimme christliche Verbrechen, wie die Greueltaten im Zusammenhang mit den Zwangstaufen der Sachsen unter Karl den Großen http://www.routecharlemagne.eu/Charlemagne/Karl/Karl_grausam_13/index.html
Auf der iberischen Halbinsel wurde während der Reconquista gerade in der Endphase brutal gewütet https://de.wikipedia.org/wiki/Reconquista
Die Kreuzzüge waren ein Verbrechen ausgelöst durch Propagada der christlichen Herrscher https://de.wikipedia.org/wiki/Kreuzzug
Gerade die Päpste schürten in den Kreuzzügen die Brutalität und als der Kaiser Friedrich II. mit Diplomatie mehr erreichte, als mit unnötigen Greueltaten, war gerade der Papst dagegen https://www.deutschlandfunk.de/vor-790-jahren-kaiser-friedrich-ii-bricht-zu-einem-kreuzzug-100.html
Mit den Hexenverfolgungen hast du teilweise recht. Das wurde im Mittelalter ursprünglich nicht vom Großteil der Kirche gut geheißen. Dieses änderte sich erst zum Beginn der Neuzeit mit dem Inquisitor Heinrich Kramer und den Hexenhammer https://de.wikipedia.org/wiki/Hexenhammer
Der Bamberger Fürstbischof Johann Georg II. Fuchs von Dornheim https://de.wikipedia.org/wiki/Johann_Georg_II._Fuchs_von_Dornheim ging bei den Foltern so weit, dass es schließlich zu einer Untersuchung kam https://www.br.de/radio/bayern2/sendungen/radiowissen/geschichte/bamberger-hexenprozess-inquisition-100.html
Die Eroberungen in Amerika wurden mit den Christentum begründet https://www.lai.fu-berlin.de/e-learning/projekte/caminos/kulturkontakt_kolonialzeit/kirche_kolonialzeit/index.html
Monotheistische Glaubensrichtungen tragen den Kern für Verfolgungen anders Denkender. Viele Kriege auch innerhalb der Religionen wurden Aufgrund von Meinungsverschiedenheiten der Auslegung begründet, wie der 30jährige Krieg (katholisch gegen evangelisch).
Selbstverständlich waren es in erster Linie politische Ziele der Machthaber, doch die Religion wurde gerne als Vorwand genutzt.